Основными направлениями работы группы являются исследования механизмов эпигенетической регуляции у людей и других организмов, а также роли этих механизмов в процессах клеточной дифференцировки и старения. Мы разрабатываем новые алгоритмы и методы анализа экспериментальных данных, создаем масштабируемые вычислительные пайплайны и инструменты, а также работаем в сотрудничестве с биологами над различными исследованиями старения.

Проекты

  • Epigenetic changes in aging human monocytes — совместный проект по исследованию здорового старения человека с лабораторией Максима Артемова в университете Вашингтона в Сент-Луисе. Лаборатория занимается биоинфоматическом анализом, создает вычислительные пайплайны и разрабатывает новые алгоритмы и методы анализа эпигенетических данных.
  • Immune system aging — проект, в рамках которого изучается старение иммунной системы мышей и человека с применением методов единичных клеток для комплексного анализа развития клеточных популяций.
  • Лонгитюдный анализ здорового старения человека — исследование нормального процесса старения человека, направленное на поиск основных факторов старения на основе лонгитюдных данных мультиомики.

Инструменты

  • SPAN Peak Analyzer — полуавтоматический универсальный анализатор пиков, способный обрабатывать широкий спектр данных, полученных из экспериментов ChIP-seq, ATAC-seq и ATAC-seq для единичных клеток. SPAN Peak Analyzer поддерживает эксперименты с множественными репликатами с различными уровнями шума, используя ограниченную ручную аннотацию данных.
  • JBR Genome Browser — быстрый и надежный геномный браузер следующего поколения с расширенными возможностями просмотра больших сеансов, полуавтоматической аннотации и поиска пиков, интегрированный со SPAN peak caller.
  • SnakeCharm — snakemake-плагин для IDE на базе платформы IntelliJ, добавляющий подсветку синтаксиса, автодополнение кода, валидацию кода на лету и расширенную интеграцию с экосистемой snakemake.
  • Pubtrends — инструмент для анализа научных публикаций, позволяющий исследовать интеллектуальную структуру научной области, а также анализировать аналогичные статьи. Мы применяем методы библиометрии для анализа графа цитирования и методы обработки естественного языка для анализа текстов. Сервис позволяет находить наиболее цитируемые статьи и темы в области, визуализировать графы цитирований и схожести статей, а также автоматически создавать обзоры литературы.

Исходный код

Весь исходный код доступен на GitHub.

Материалы

Здесь выкладываются различные презентации, включая журнальный клуб и переговоры.

Студенческая практика

Новости

More posts

Публикации