Роман Чернятчик

Биография

Выпускник кафедры системного программирования математико-механического факультета СПбГУ. В 2012 году закончил годичные курсы по биоинформатике и молекулярной биологии в Институт Биоинформатики.

Область моих научных интересов включает изучение механизмов старения человека, изучение эпигенетических процессов в человеческом организме, интеграционный анализ эпигенетических данных. Особенно интересны механизмы метелирования и деметилирования ДНК в контексте старения, а также их связь с некодирующими РНК и гистонными модификациями.

Преподаю модуль по эпигенетике для международной магистерской программы Биоинформатика и системная биология в yниверситетe ИТМО, "Бионформатические методы анализа эпигенома" в Институте Биоинформатики, а также руковожу курсовыми и научными работами студентов в yниверситетe ИТМО, Институте Биоинформатики и Высшей школе экономики.

2012 — по н.в. Исследователь в JetBrains Research, группа BioLabs.

2020 — по н.в. Аспирант в области биоинформатики, ИТМО Университет

2006—2012 Участвовал в создании различных продуктов JetBrains, например, IntelliJ IDEA или TeamCity. Был одним из ключевых разработчиков среды разработки для языка Ruby - RubyMine.

2005—2006 Разработчик в проекте Apache Harmony - независимая от Oracle/Sun Open Source реализация Java SE

2005—2008 Участник ряда проектов, связанных с DSL и Visual Modeling.

Профессиональная деятельность

Научное руководство

Руководитель более 7 студенческих проектов, включая руководство магистерской диссертации

  • Калини В., магистреская диссертация 'GEO Data Server'

Проекты

  • Semi-supervised peak calling solution
    SPAN Peak Analyzer and JBR Genome Browser can be used separately as general-purpose peak caller and genome browser, respectively. However, together, they can serve as a complete solution for peak calling. The semi-supervised peak calling approach is capable of improving peaks consistency in datasets with different signal-to-noise ratio, as well as obtaining the best peak calling results for individual samples.
  • Snakecharm plugin
    Snakecharm is a plugin for PyCharm and any other IntellIJ platform-based IDEs providing rich editing and refactoring capabilities for Snakemake programming language.
  • JBR Genome Browser
    JBR - многоцелевой геномный браузер, с возможностью поиска пиков, множественных позиций итд.
  • CMeth Завершен
    CMeth - это инструмент для сравнения и анализа данных полногеномного бисульфитного секвенирования

Публикации

  • Irina Shchukina, Juhi Bagaitkar, Oleg Shpynov, Ekaterina Loginicheva, Sofia Porter, Denis A. Mogilenko, Erica Wolin, Patrick Collins, German Demidov, Mykyta Artomov, Konstantin Zaitsev, Sviatoslav Sidorov, Christina Camell, Monika Bambouskova, Laura Arthur, Amanda Swain, Alexandra Panteleeva, Aleksei Dievskii, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Roman Chernyatchik, Vishwa Deep Dixit, Marko Jovanovic, Sheila A. Stewart, Mark J. Daly, Sergey Dmitriev, Eugene M. Oltz & Maxim N. Artyomov
    Enhanced epigenetic profiling of classical human monocytes reveals a specific signature of healthy aging in the DNA methylome
    Nature Aging, Ноябрь 2020
  • Irina Shchukina, Juhi Bagaitkar, Oleg Shpynov, Ekaterina Loginicheva, Sofia Porter, Denis A. Mogilenko, Erica Wolin, Patrick Collins, German Demidov, Mykyta Artomov, Konstantin Zaitsev, Sviatoslav Sidorov, Christina Camell, Monika Bambouskova, Laura Arthur, Amanda Swain, Alexandra Panteleeva, Aleksei Dievskii, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Roman Chernyatchik, Vishwa Deep Dixit, Marko Jovanovic, Sheila A. Stewart, Mark J. Daly, Sergey Dmitriev, Eugene M. Oltz, Maxim N. Artyomov
    Epigenetic aging of classical monocytes from healthy individuals
    bioRxiv preprint, Май 2020
  • Kalinin Vladislav Il'ich, Cherniatchik Roman Igorevich
    GENOMIC DATA ACCESS SERVICE
    ПРОЦЕССЫ УПРАВЛЕНИЯ И УСТОЙЧИВОСТЬ, 2019
  • Oleg Shpynov, Aleksei Dievskii, Roman Chernyatchik, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov and Maxim Artyomov
    POSTER: Semi-supervised solution for robust peak calling of Low Input ChIP-Seq
    Proceedings of the 17th European conference on computational biology, Сентябрь 2018
  • Oleg Shpynov, Aleksei Dievskii, Roman Chernyatchik, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Maxim N. Artyomov
    POSTER: Semi-supervised solution for peak calling
    Proceedings of Biata2018 Bioinformatics: from algorithms to applications, Июль 2018
  • BioLabs Исследователь
    • Анализ данных DNA метелирования
    • Геномный браузер JBR Genome Browser
    • SnakeCharm плагин