Биография
Олег руководит группой бионформатики в лаборатории JetBrains Research. Работает в лаборатории с 2013 года.
В 2008 году Олег с отличием окончил математико-механический факультет СПбГУ. В 2008-2010 гг. обучался в аспирантуре СПбГУ. Является выпускником первого года Института Биоинформатики в 2012г.
Ранее Олег принимал участие в разработке основных продуктов JetBrains, включая флагманский продукт IntellIJ IDEA, PyCharm, а также IdeaVIM (плагин эмуляции vim, 7+млн загрузок). Создатель интегрированной среды разработки для языка Ruby - Rubymine. Занимался анализом исходного кода на языке программирования начиная с лексического анализа, заканчивая разработкой систем типов и различных семантических верификаций кода.
Научные интересы включают машинное обучение, анализ данных и биоинформатику.
Олег читает курс "Эпигенетика" для международной магистерской программы Биоинформатика и системная биология в ИТМО, "Бионформатические методы анализа эпигенома" в Инстутуте Биоинформатики, а также руководит научными работами студентов в Институте Биоинформатики, Высшей школе экономики и Computer Science центре.
Профессиональная деятельность
- Speaker at 2nd Single-Cell Sequencing Workshop by Tomsk National Research Center, 2020
- Speaker at Bioinformatics Institute Summer School, 2020
- Speaker at Math Winter School URFU Mathematics in Biology, 2020
- Certificate Deep Learning nanodegree program at Udacity, 2019
- Speaker at Bioinformatics Institute Summer School, Moscow, 2019
- Speaker at Systems Biology Workshop by IFMO university, Bioinformatics Insitute and Washington University in St.Louis, 2019
- Semi-supervised solution for robust peak calling of Low Input ChIP-Seq, a poster at ECCB, 2018
- Semi-supervised peak calling solution, a poster at Biata: The Second Annual Scientific Conference, from algorithms to applications, 2018
- Machine Learning and Intelligence School, Microsoft Research, 2015
- Yandex school of Data Analysis Conference, Yandex, 2014
Научное руководство
More than 10 projects including 2 master dissertations were successfully defended under Oleg's supervision.
- Lebedev S., Master Bisulphite sequencing data modeling
- Dievsky A., Master Modeling difference in ChIP-seq data
Проекты
-
SPAN Peak Analyzer and JBR Genome Browser can be used separately as general-purpose peak caller and genome browser, respectively. However, together, they can serve as a complete solution for peak calling. The semi-supervised peak calling approach is capable of improving peaks consistency in datasets with different signal-to-noise ratio, as well as obtaining the best peak calling results for individual samples.
-
Automated Ishikawa Fishbone Diagram construction for epigenetics data
-
Полуавтоматический инструмент для поиска пиков
-
JBR - многоцелевой геномный браузер, с возможностью поиска пиков, множественных позиций итд.
-
Pubtrends is a new scientific publications analysis service. http://bit.ly/pubtrends
-
CMeth ЗавершенCMeth - это инструмент для сравнения и анализа данных полногеномного бисульфитного секвенирования
Публикации
- Immunity, Декабрь 2020
-
ICMLA2020, Декабрь 2020
Source is available on GitHub
- Nature Aging, Ноябрь 2020
- bioRxiv preprint, Май 2020
- Saint-Petersburg, ISBN 978-5-6043094-2-1, Июнь 2019
- Proceedings of the 17th European conference on computational biology, Сентябрь 2018
- Proceedings of Biata2018 Bioinformatics: from algorithms to applications, Июль 2018
- Journal of Experimental Medicine, Май 2018
- Proceedings of Washington University in St. Louis Immunology Retreat, Октябрь 2016
-
BioLabs Руководитель группы